نانو لوله‌های کربنی و ABINIT

فَبِأَیِّ آلاءِ رَبِّکُما تُکَذِّبانِ

نانو لوله‌های کربنی و ABINIT

فَبِأَیِّ آلاءِ رَبِّکُما تُکَذِّبانِ

نانو لوله‌های کربنی و ABINIT

بسم الله الرحمن الرحیم

.•*..*•. .•*..*•. .•*..*•. .•*..*•. .•*..*•. .

نام نیکو گر بماند ز آدمی/ به کز او ماند سرای زرنگار

.•*..*•. .•*..*•. .•*..*•. .•*..*•. .•*..*•. .

نسیم مرادی، کارشناسی ارشد فیزیک اتمی مولکولی

علاقه مند به ساختار و خواص نانولوله های کربنی هستم
در این وبلاگ مطالبی که در مورد این ماده
مطالعه کرده م رو قرار می دم
برای نمایش فرمول ها بهتره از مرورگر IE استفاده نکنید
دوستان عزیز خوشحال میشم نظراتتون رو در مورد هر مطلب بدونم
ولی در سیستم بلاگ امکاناتی برای پاسخگویی به نظرات خصوصی نیست، ممنون میشم نظرات خصوصی ارسال نکنید.

اولین بار این وبلاگ رو فقط به این دلیل زدم
که مطالب پایان نامه م رو توش بریزم
شاید در فضای مجازی بدرد کسی بخوره ^_^

.•*..*•. .•*..*•. .•*..*•. .•*..*•. .•*..*•. .

پیشاپیش از نگاه شما سپاسگزارم.
کپی مطالب آزاد است.

لینک دانلود فایل کمکی ABINIT موجود درسایت ABINIT.

قسمت اول:مقدمه

شبیه سازی رایانه ای به ابزاری بسیار مهم در شاخه های گوناگون علوم از جمله فیزیک، شیمی، زیست، و حتی علوم مهندسی و پزشکی-دارویی تبدیل شده است.

محدوده کاربرد شبیه سازی های رایانه ای در دو دهه گذشته فوق العاده بوده بطوری که در کشورهای پیشرفته به رشته ای جدید و مستقل که علوم محاسباتی خوانده می شود، بدل شده است.

در شاخه فیزیک ماده چگال، کدها و نرم افزارهای زیادی برای شبیه سازی رایانه ای وجود دارد، که هر کدام از این

بسته های نرم افزاری بر پایه ی تئوری های خاص مربوط به خود و با قابلیت های محاسباتی متفاوتی کار می کنند.

کدهایی از جمله exc، siesta، yambo، vasp، wien2k، espresso، abinit و...

که در ادامه به معرفی کد ABINIT خواهیم پرداخت.

کد ABINIT یک بسته محاسباتی منبع باز در زمینه علم مواد است. با استفاده از این بسته نرم افزاری می توان انرژی کل، چگالی بار و ساختار الکتریکی سیستم های متشکل از الکترون-هسته (مولکول ها و جامدات متناوب) را بر پایه نظریه تابعی چگالی DFT با استفاده از امواج تخت و شبه پتانسیل ها بدست آورد.

این بسته قابلیت محاسبه ی اکثر تقریب های انرژی تبادلی-همبستگی مانند LSDA، GGa، LDA،  و ... را دارد.

 در درون  بسته ABINIT  ابزارهایی به نام  optic ,mrgddb, cut3D ,anaddb و ... برای بدست آوردن

خواص بیشتر و  آنالیز خروجی های بدست آمده با ABINIT وجود دارد.

علاوه بر محاسبات حالت پایه الکترونی مواد، ABINIT از نظریه تابعی چگالی اختلالی DFPT برای محاسبه توابع پاسخ استفاده می کند:

بر هم کنش الکترون-فونون و خواص ابر رسانایی 

خواص پیزوالکتریک و الاستیک

بررسی خواص ترمودینامیکی و دینامیکی

قطبش و پاسخ به میدان های الکتریکی متناهی

پاسخ های غیر خطی، شامل پذیرفتاری الکتریکی غیر خطی، تانسور رامان غیر تشدیدی، اثر الکترو اپتیکی

بررسی خواص مغناطیسی و برهم کنش اسپین-مدار

و ...

ABINIT همچنین می تواند با استفاده از نظریه تابعی چگالی وابسته به زمان TDDFT و یا نظریه اختلال بس ذره ای در تقریب GW  و حل معادله بت-سلپیتر، حالات برانگیخته یک ماده را بررسی کند. 

از میان کدهای مطرح شده در بالا کد yambo نیز توانایی انجام محاسبات TDDFT و GW را دارد، ولی برای استفاده از این کد باز هم نیاز به خروجی های مربوط به حالت پایه داریم که این خروجی باید با استفاده از کد pwscf‌ و یا abinit بدست آمده باشد.

در آینده طرز کار با ABINIT و چگونگی اجرای آن را توضیح خواهم داد.

قسمت دوم: دانلود و نصب ABINIT 

برای شروع کار با ABINIT شما ابتدا باید پکیج  ABINIT رو دانلود کنید.

برای این کار اول به سایت زیر برید:

http://www.abinit.org/

سایت ABINIT بخش های مختلف و مفیدی داره ک بد نیست روشون کلیک کنید و باش آشنا شید.

اون بخشی که الان ما باش کار داریم، قسمت downloads هست، روی قسمت دانلودها کلیک کنید

بعد --> ABINIT source packages و بعد -->Download ABINIT

از این قسمت می تونید بسته ABINIT  رو دانلود کنید.

تا چند وقت قبل ABINIT بصورت مجزا برای سه پلت فرم ویندوز، مک و لینوکس ارائه می شد ولی تازگی ها فقط یک

پکیج وجود داره که برای تمام پلت فرم هاست.

 پس تا اینجا ABINIT رو  خیلی راحت دانلود کردیم، حالا می مونه نصب ABINIT .

ABINIT یک پکیج منبع باز هست ک تحت لینوکس اجرا میشه، برای کار با ABINIT شما نیاز به یک توزیع

لینوکس مثل اوبونتو، رد هت و ... دارید.

برای کسی که تازه کاره اصولا اوبونتو رو پیشنهاد میدن، اونم بخاطر راحتی کار با اونه، از بین توزیع های مختلف لینوکس، اوبونتو بیشترین تعداد کاربری رو داره.

حالا فرض می کنیم سیستم شما مجهز به یک توزیع لینوکسه.

قبل از نصب ABINIT شما نیاز به یک کامپایلر فرترن دارید، اول باید یک کامپایلر فرترن نصب کنید، مثل ifort و یا gfortran

الانه ک می تونید پکیج ABINIT رو نصب کنید.

داخل خود بسته ABINIT یک راهنمای نصب وجود داره که می تونید با استفاده از اون پکیج رو نصب کنید

و یا از فایل های اموزشی روی خود سایت استفاده کنید، مسیر زیر:

Home → Documentation → Help files → for v7.6 → install_notes

نصب سختی نداره، فقط با زدن سه تا دستور نصب میشه. اول پکیج رو از زیپ در میارید بعد می رید تو مسیرش و

بعد  configure,  ./make,  ./make install/.  رو میزنید.

اینم راهنمای نصبیه که تو خود پکیج هست:

Quick install, starting from the tar.gz file :

(1) download, gunzip and untar the file 
     abinit-x.y.z.tar.gz
    where x.y.z is to be replaced by the actual numbers that characterize the version of ABINIT.
(2) cd abinit-x.y.z
(3) ./configure
(4) ./make
(5) optionally :  ./make install

در حین نصب شاید به یک گیرهایی بربخورید که باید سعی کنی تا اون گیرها رو درست کنی و پکیج نصب شه.

اگه ABINIT درست نصب شده باشه، توی ترمینال ABINIT رو بنویسید، باید این پیغام رو بتون بده:

ABINIT 
  
  Give name for formatted input file: 

اگه این پیغام رو دیدید یعنی نصب شده وگرنه تلاش کن تا نصب شه، تو می تونی.

قسمت سوم: شروع کار با ABINIT

خب برای شروع کار با هر کد محاسباتی ای از جمله  ABINIT نیاز هست شما با یک سری از تئوری ها آشنا باشید

پیشنهاد خود ABINIT اینه که اگه اولین باره که از یک کد استفاده می کنی، حتما کتاب زیر رو یه نگاهی بندازی:

نام کتاب: Electronic Structure

نام نویسنده: Richard  M. Martin

در قسمت دانلود کتاب وبلاگ لینک دانلود کتاب رو گذاشتم.

شکل زیر در یک نمای کلی تمام کاری که برای شبیه سازی با ABINIT باید انجام بدید رو نشون میده:

یک سری فایل ورودی (که سه تا فایل هست) به ABINIT میدی، ABINIT  رو ران (اجرا) می کنی و

خروجی های مورد نظرت رو بدست می آری.

حالا من تو این قسمت براتون توضیح میدم اون ورودی هایی که لازم هست آماده کنی چی هستن؟!

شما طرز استفاده از کد رو یاد بگیری هر کدوم از محاسباتی که کد ارائه میده رو می تونی انجام بدی

فقط کافیه با تئوری مربوط به اون آشنا باشی و بدونی قراره چی بدست بیاری.

دیگه بریم سراغ شروع کار:

 کار با ABINIT کدنویسی کردنه، شما الان دیگه پکیج کد رو در اختیار داری، پکیج رو باز کن برو تو این قسمت

doc==>tutorial اینجا یسری فایل html هست که همه چی رو برای شما توضیح داده، از اینکه ABINIT چی هست تا

فایل های آموزشی برای انجام هر محاسباتی که ABINIT می تونه انجامش بده.

قدم به قدم برات توضیح داده که مثلا می خوای خواص الاستیکی بدست بیاری چکار کن، از کدوم فایل ها 

 استفاده کن و ... . من ی نمای کلی از کار کردن با ABINIT رو میگم چون با جزییات باشه  طولانی و گیج کننده

میشه، پس اول از همه سراغ این قسمت برو تا هر چی خواستی رو باز کنی و باش آشنا شی.

 

شما برای شروع کار نیاز داری تا سه فایل رو آماده کنی.

حالا این سه تا فایل چی هستن؟

اول: یک فایل ورودی با پسوند .in

دوم: یک فایل که بش میگن file names با پسوند .files

سوم:فایل های مربوط به شبه پتانسیل 

حالا چجوری این سه تا فایل رو آماده کنی؟ 

اول از همه فایل مربوط به شبه پتانسیل

خب شما دارید یک محاسباتی رو برای یک ماده مشخص انجام میدید، مثلا ماده شما سیلیکون هست، شما فقط

کافیه فایل شبه پتانسیل مربوط به عنصر سیلیکون رو داشته باشی، از کجا بیارمش؟ فقط کافیه دانلودش کنی

برو تو سایت ABINIT و از اینجا دانلودش کن : You are here: Home → Downloads → Pseudopotentials

تو این قسمت که بری برات جدول تناوبی رو میاره رو هر کدوم از عنصرهاش که کلیک کنی

فایل شبه پتانسیلشو بت میده. فایل های شبه پتانسیل یسری فایل آماده هستن، که تو فقط قراره

ازشون استفاده کنی نه اینکه بسازیشخب این از فایل شبه پتانسیل.

حالا یک فایل باید داشته باشی که اون هم فایل ورودی هست.این فایل فایل مهمیه، حالا چی هست این فایل؟

شما یک صفحه رو در نظر بگیر، با هر ادیتوری wordpad، notepad، gedit و ... حالا تو این صفحه با استفاده از 

یک سری متغیر ورودی که کد ABINIT اونا رو می شناسه ما کدنویسی می کنیم و به ABINIT می گیم ما داریم بتو

چی میدیم و از تو چی می خوایم. نترسید کار سختی نیست برای هر محاسبه ای این فایل های ورودی آماده هست و 

تو خود پکیج وجود داره، فقط کافیه شما اون رو متناسب با نیاز خودت و برای ماده مورد نظر خودت ادیتش کنی.

پس در یک کلام شما یسری متغیر ورودی داری که قراره باش کد نویسی کنی پس لازمه که باشون آشنا شی

و بدونی هر متغیر چکاری رو انجام میده، متغیرهایی مثل متغیرهای زیر:

A. acell   angdeg   

E. ecut   
 
I. 
iscf   ixc   
J. 
jdtset   
K. 
kpt   kptnrm   kptopt   

N. 
natom   nband   ndtset   ngkpt   nkpt   nshiftk   nsppol   nstep   nsym   ntypat   
O. 
occopt   

R. 
rprim   
S. 
scalecart   shiftk   symrel   
T. 
tnons   toldfe   toldff   tolrff   tolvrs   tolwfr   typat   
U. 
udtset   usewvl   

W. 
wtk   wvl_hgrid   
X. 
xangst   xcart   xred   

Z. 
znucl

تو پکیج ABINIT یک قسمت به اسم INPUT VARIABLES وجود داره، رو هر کدوم از متغیرها کلیک کنی براتون 

توضیح میده که این متغیر چکار می کنه. 

این شکل یک نمایی از محتویات فایل ورودیه که پسوندش .in هست.

هر عبارتی که بعد از # قرار میگیره به صورت کامنت هست، یعنی کد اون رو در نظر نمیگیره، بیخیالش میشه.

خب این هم از فایل ورودی، یکم سخت میشه بیشتر توضیح بدم.

می مونه یک فایل دیگه به اسم file names و یا files file.

ساختن این فایل خیلی راحته، فقط قراره 6 تا نیم خط توی یک ادیتور تایپ کنی

چی بنویسی حالا؟ این شش نیم خطی که الان توضیح میدم. برای هر اجرای ABINIT فرم کلی این فایل

به همین صورت و به همین ترتیبه.

یک تکس ادیتور باز کن و توش این عبارات زیر رو بنویس.

خط اول اسم فایل ورودی تو هست، تو داری به کد می گی که ورودی ای که داری اسمش چیه

خط دوم اسم فایل خروجی اصلی هست

خط سوم و چهارم اسم فایل ورودی و خروجی فرعی هست

خط پنجم اسم فایل موقتی temporary file هست <همون فایلی که وقتی اجرای برنامه تموم شه اون هم از بین میره>

و خط آخر اسم فایل شبه پتانسیلی که داری استفاده می کنی

<این اسم هایی که داری می بینی همشون دلبخواه هست مثلا ab نباشه اسمشون nasim باشه عدد 123 باشه

هر چی دلت خواست اسمشو بذار، اصلا مهم نیست ولی فرمت ها مهمه in و out گذاشتن و i و o گذاشتن مهمه>

حالا که اینا رو توش نوشتی فایلت رو ذخیره کن با پسوند .files 

این هم سومین فایل ورودیت.

دیگه می تونی بری سراغ ران ABINIT

قسمت چهارم: اجرای (Run) کد ABINIT و بدست آوردن خروجی

تو قسمت قبل با فایل های ورودی مورد نیاز آشنا شدیم، الان شما دیگه می تونید کد رو اجرا کنید.

خب توی یک مسیری این سه تا فایل ورودی کنار هم ذخیر شده، هر کدوم از این فایل ها که وجود نداشته باشه

کد اجرا نمیشه و به شما error میده.

توی ترمینال یک cd بزن و وارد این مسیری شو که فایل هات توش ذخیره شدن تا کد رو run کنی

برای run کردن ABINIT فقط کافیه دستور زیر رو بزنی

> و < همون علامت کوچیک تر و بزگ تر روی کیبورد هست و ab.files اسم همون files file

که تو قسمت قبل آماده ش کردی.

وقتی در ادامه ی این دستور log رو هم بزنی، توی خروجی بتو یک log فایل هم میده،

هر error و warning ای که اجرای کد داشته باشه تو این log فایل قابل رویت هست.

خب اصلا واسه چی کد رو اجرا کردی؟ واسه اینکه خروجی های مورد نظرت رو بدست بیاری، اگه هیچ اروری وجود

نداشته باشه و کد تا آخر اجرا بشه خروجی های مورد نظرت هم بدست میاد، و در کنار اون سه فایل ورودیت،

فایل های خروجی دیگه هم ظاهر میشه. یک خروجی اصلی با پسوند .out یک

خروجی که توش مقادیر ویژه انرژی هست، یک خروجی که توابع موج رو بت میده، یک خروجی که

چگالی بار رو بت میده و ... .

 

 

خب دیگه این هم از قسمت ABINIT فک کنم همین قدر توضیح کافی باشه.ا

این تصاویر آخر واسه خودم بوده ها، با دستای خودم ساختم

مثل همیشه برای اطلاعات بیشتر contact me.

خروجی های خودم

اینا هم نتایج محاسباتی هست که برای نانولوله کربنی (8,0) بدست اوردیم با کمک استادا 

 

یک ساختار نواری band structure با DFT+LDA:

یک ساختار نواری شبه ذره ای quasiparticle band structure یا بعبارتی ساختار نواری دقیق تر

که با MBPT+GW بدست میاد (مقدار گپ بهتر رو میده):

یک طیف جذب شامل اثرات اکسیتونی

(ازین الکی ها نه ها! اثرات اکسیتونی هم توش لحاظ شده، مدلی که به واقعیت نزدیک تره)

که با حل معادله بت-سلپیتر بدست می یاد.

 

این شکل های بالا در حد پلات کردن هست با هر نرم افزاری که نمودار می کشی، راحت خروجی هاتو پلات می کنی.

این هم خروجی چگالی بار هست charge density که من با نرم افزار VESTA (لینک) کشیدمش.

برای اینکه بتونی بکشیش باید اول یه تبدیل فرمت انجام بدی.

نظرات  (۳۹)

سلام دست شما درد نکنه مفید بود
پاسخ:
سلام
خواهش می کنم.
منتظر انتقادات و پیشنهاداتون هستیم^_^
سلام
لطفا راهنمای انجام محاسبه اثرات اکسیتونی رو قرار بدین
پاسخ:
سلام
ان شاالله سر فرصت می ذارمش.
please  wait
---------
خواستم بذارم ولی دیدم درسای خودش خیلی کامل تره
http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v7.6/tutorial/lesson_bse.html
سوالی بود در خدمت تون هستم. 
ب این درسش مسللطم.
با سلام و تشکر از مطالب مفیدتون.
برنامه رو اجرا کردم الان ی سری داده دارم(گرافین،آهن....)،فقط نمیدونم چطوری باید نمودار رسم کرد.با متمتیکا برای رسم نمودار آشنایی دارم،به عنوان مثال  داده ها رو چطوری تو متمتیکا رسم کنم.؟؟؟
پاسخ:
سلام
توی مرحله رسم band structure منظورتونه؟
یک روش با استفاده از فایل های پایتون خود abinit هست، که فک کنم توی قسمت اسلایدها باشه
یک روش هم ما خودمون داده ها رو sort می کردیم
و با هر نرم افزار plot ای که مسلط هستید می تونید رسمش کنید
توضیحش طولانی می شه
ایمیل بذارید
ایمیلش رو براتون فوروارد خواهم کرد.
مطابق دستور اسلایدها تو صفحه ی کامند دستور رو نوشتم و این ارور رو داد:
python is not recognized as an internal or external command operable program or batch file.

پاسخ:
احتمال زیاد بسته های پایتون روی سیستم تون نصب نیست

توی ترمینال این دستورات  نصب رو بزنید:

  sudo apt-get install python2.7 python2.7-dev

sudo apt-get install python-pip

sudo apt-get install python-numpy python-scipy python-matplotlib

sudo pip install scipy

به همش هم نیاز نیست ولی برای اطمینان همشو نصب کنید، حجم زیادی ندارن.
من abinit تحت ویندوز ی مقدار کار کردم،مقدماتی،الان میخوام تو محیط لینوکس محاسبات رو انجام بدم...........
پاسخ:
محاسباتی کار کردن با ویندوز زمان بره :/
ی اوبونتو نصب کنید و راحت راحت
performance  لینوکس بالاتره.
نه منظورم تحت وب ه،
ابینت رو طبق دستورات داده در بالا نتونستم نصب کنم،گفتم شاید تحت وب باشه.
پکیج ابینت رو از سایت ابینت دانلود کرده ام،ولی فعلا موندم........
از راهنمایی هایتان متشکرم
پاسخ:
اهان نمی دونم، فک نکنم
روی لینوکس داری نصب می کنی؟
قبلش نصب یک کامپایلر فرترن یادت نره

برای نصب هم کاربر ریشه باش 
sudo su بزن
وسط نصب هم نیاز داره به اینترنت
اینترنتت روشن باشه
یسری library نیاز داره که خودش می ره نصب می کنه
دیگه فک نکنم مشکلی پیش بیاد.


ممنون.
پاسخ:
خواهش می کنم
مشکلت حل شد؟ یا بیخیال نصبش شدی؟ :)
تو مرحله ی configure./ مشکلی وجود نداشت.

راستی میخواستم بگم کد sudo apt-get install gfortran  رو در ترمینال بنویسیم کامپایلر فرترن نصب میشه.

پاسخ:
سلام گلم
آره gfortran رو با همین دستور نصب می کنن درسته

یعنی بعد از ./configure 
برات success زد و گفت make  رو بزن؟
چون ازونجا بهتر می شه فهمید ارور از چیه
تو کامنت بعدیت فقط می شه فهمید ارور داره ولی از چیه معلوم نیست

از موضوعات انجمن هم می تونی کمک بگیری
http://forum.abinit.org/
با تشکر
درسته بعد از configure/. پیغام داد که مراحل بطر کامل انجام شد دستور make رو بزنید که در آخر تو اجرای دستور make ارور [1]make, [2]make و [3] make رو داد.
ممنون از شما.
پاسخ:
داری نصب می کنی کاربر ریشه باش
قبلش sudo su رو بزن

از make ها نمی شه فهمید مشکل از چیه
قبل از این خط هایی که گذاشتی برام، ی عالمه توضیحات دیگه بت می ده به اونا توجه کن.
با سلام
دستور بالا آمدن صفحه ابینیت چیه؟خب برنامه رو نصب کردیم حالا این برنامه کجاست؟لازم هست تو ترمینال دستور خاصی نوشت؟

پاسخ:
سلام 
ابینیت رابط گرافیکی نداره
ی چند تایی هم که هستن رایگان نیستن برای ما

با ترمینال باش کار می کنی
تو ترمینال
اگه بزنی abinit
این پیغام رو بت بده 
ABINIT 
  
  Give name for formatted input file: 


یعنی نصب شده  و می تونی باش کار کنی
کار کردنت با ترمیناله.
سلام
من مثالهای داخل شاخه tutorial /tbase3_5 رو ران کردم و یک سری خروجی از ابینیت گرفنم. حالا میخام که نمودار مربوط به ساختار نواری رو رسم کنم. ممنون میشم اگه راهنمایی کنید و مراحل رسم ساختار نواری رو بم بگین. 
پاسخ:
سلام
دو راه داره برای رسمش
یکی با استفاده از فایل خروجی اصلی _OUT
یکی با استفاده از فایل ویژه مقادیر _EIG
من اون روشی که ابینیت توی درس هاش گذاشته رو براتون ایمیل می کنم.
سلام

وقت بخیر

مرسی از لطفتون. من خیلی وقت بود که میخاستم ابینیت و یاد بگیرم وبلاگ شما مشوق شد و شروع کردم و ران های مربوط به خواص الکتریکی رو انجام دادم. میخاستم برم سراغ ران های اپتیکی برای همین میخاستم اگه براتون امکان داره ی چن تا نمونه از کارای اپتیکی که انجام دادین (ورودی هاش و میگم) و بزارین تو سایت تا به عنوان الگو ازشون استفاده کنیم.

بازم ممنون از زحماتتون
پاسخ:
سلام
خوب پیش رفتید 
منم در همین حددم که شما کار کردید

می خواستم ورودی هامو بذارم برا دانلود
ولی ماده من نانولوله بوده 
و من ورودی رو برای نانولوله نوشتم
یعنی فقط بدرد نانولوله می خوره 
اگه بدرد می خوره  می ذارم

من GW+BSE رو کار کردم- اون بالا هم نوشتم.
سلام وقت بخیر

ی سوال دارم از خدمتتون. قبل از این که بخام ران انجام بدم میخام ساختار شبکه ارو ببینم. ایا پکیجی هست که بشه با اون ساختار شبکه ارو دید؟
پاسخ:
سلام
بله هست
jmol هست
xcrysden هست 
v_sim هست 
هر سه تاشون هم تو مخازن اوبونتو هستن
با ی دستور می شه نصب شون کنید

سلام وقت بخیر

ی سوالی از خدمتتون داشتم. وقتی میخام ساختار نواری رو محاسبه کنم به صورت پارالل فایل اوت خروجی چند نیکه میشه و بعد برای رسم ساختار نواری ارور میده . می خاستم بدونم در حالت ران پارالل دستورات محاسبه و رسم ساختار نواری چیه؟

ممنون
پاسخ:
سلام
یادم نمیاد پارالل خروجی رو چجوری می داد
الانم سیستمم یکم بهم ریختست نمی شه ران کنم
ران کردم بتون می گم

برای ساختار نواری همون روش تو پکیج های ابینیت بود
اگه نمی شه از فایل خروجی تون استفاده کنید
از فایل ویژه مقادیر استفاده کنید _EIG
ولی این جوری روش رسم فرق داره.
سلام وقت بخیر

خیلی ممنون بابت وقتی که میذارین و سوالامو جواب میدین. ی خواهشی از شما داشتم اگه براتون مقدوره فایلای محاسبه خواص اپتیکی به روش Gw and Bs یک نمونه ساده (اگه ران کردین و دارین) برام میل کنین یا روی وب بذارین.

بازم ممنون از لطفتون 
پاسخ:
سلام خواهش می کنم
برا خودم مرور می شه حس خوبی داره 
براتون ایمیل می کنم.
سلام وقت بخیر

خانم مرادی اگه خاطرتون باشه من چن روز پیش خواهش کردم که اگه امکان داره فایل اموزش خواص اپتیکی و برام میل کنین. شما گفتیم که میل میکنین من میل وچک کردم ظاهرا فراموشتون شده که میل کنین. ممنون میشم اگه تونستین برام میل کنین.

با تشکر از زحمات شما
پاسخ:
سلام
یادم بود بفرستم 
دیگه یکم طول کشید 
گفتید ورودی براتون بفرستم
ورودی می فرستم

تو قسمت دانلود فایل کمکی وبلاگ
پایان نامه م رو هم دانلود کنید 
یک فصل ابینیت داره 
شاید بدردتون بخوره
ولی مجبوور بودم مختصر مفید بنویسم خیلی خلاصه ست.
سلام وقت بخیر

ی دنیا ممنون. ی پیشنهاد دارم بجای ابونتو لینوکس مینت نصب کنید که بیسش همون اوبونتو هست (دستوراتش همش مثل اوبونتو). همه خصوصیات اوبونتو رو داره و بسیار استیبل تر از اوبونتو هست. من خودم کلن با لینوکس کار میکنم و تقریبا همه لینوکسای معروف رو داشتم. اگر میخواین به صورت حرفه ای لینوکس کار کنید فدورارو پیشنهاد میکنم ولی اگر همزمان با داشتن لینوکس راحت بودنشو میخاید پیشنهادم لینوکس مینت هستش. مطمن باشید که خیلی ازش راضی خواهید بود. بسیار یوزر فرندلی و استیبل هست و اخیرا به پر کاربرد ترین لینوکس تبدیل شده.
پاسخ:
من دیگه معتاد شدم به اوبونتو :(
فقط از وقتی اپ کردم به 14 اذیت می کنه هی گرافیک بالا نمیاد و زندگی مون مختل می شه
اگه این سری درست نشد
همین لینوکس مینتی که می گید رو می بنصبم
ببینم چجوری هاست
تشکر

سلام
اگه بخایم شکل ساختار ماده رو یا استفاده از xcrysden ببینیم باید چیکار کنیم در واقع منظورم اینکه ابا خودمون باید فایل رو به فرمت file.xyz بسازیم اگه بله برای یک بالک چه جوری ساخته میشه؟؟؟
پاسخ:
سلام 
بالاخره شما هر ماده ای داشته باشی
داری ماده رو با مختصاتش به هر کدی می فهمونی دیگه
چه بالک باشه چه شیت باشه چه لوله

اتم هاتون در یک هندسه و مختصات خاصی قرار دارن
یک راهش همینه که خودتون گفتید
مختصاتی که داری رو بریز توی یک صفحه (مثلا یک صفحه از gedit) بعد با فرمت .xyz ذخیرش کن 
بعد توی xrysden فایل رو اوپن کن 
ساختار رو بت نشون می ده

jmol هم نرم افزار خوب و سبکی هست برای نشون دادن ساختار.
تو کد ابینیت ما برای ماده بالک ما ساختار و گروه تقارنی رو بهش میدیم حالا ما چه جوری با این اطلاعات فایل .xyz براش بسازیم شما خودتون واسه نانولوله چیکار کردین؟

راستی هنوز جزوه ی abinit کامل نشده که بذارید تا همه ازش استفاده کنن!!؟؟
پاسخ:
تو جواب قبلیم گفتم دیگه
مختصات نداره ماده تون؟ مگه می شه Oo
مختصات همون اطلاعاتی که برای xred یا xcart یا xang می دی

مثلا درس 3 رو ببین 
برای سیلیکون، اونم بالکه 
xred            
  0.0  0.0  0.0
 1/4  1/4  1/4
این دوتا مختصات رو بریز توی یک فایل متنی با پسوند .xyz ذخیره کن بعد این فایل رو با xcrysden بکش

برای نانولوله م که عکسشو همون بالا توی این صفحه می بینید 
مختصات 32 تا اتمم رو ریختم توی یک صفحه خالی
بعد ذخیره ش کردم با پسوند .xyz بعد هم کشیدمش

*****************************************************
مثلا برای یک نانولوله این مختصات اتم ها که تو ورودی ابینیت با xred واردش می کنیم

  32
  C        3.148887    -0.000000    -0.713931
  C        3.148887    -0.000000    -2.134931
  C        2.909192     1.205027     1.421000
  C        2.909192     1.205027    -0.000000
  C        2.226599     2.226599    -0.713931
  C        2.226599     2.226599    -2.134931
  C        1.205027     2.909192     1.421000
  C        1.205027     2.909192     0.000000
  C       -0.000000     3.148887    -0.713931
  C       -0.000000     3.148887    -2.134931
  C       -1.205027     2.909192     1.421000
  C       -1.205027     2.909192    -0.000000
  C       -2.226599     2.226599    -0.713931
  C       -2.226599     2.226599    -2.134931
  C       -2.909192     1.205027     1.421000
  C       -2.909192     1.205027     0.000000
  C       -3.148887    -0.000000    -0.713931
  C       -3.148887    -0.000000    -2.134931
  C       -2.909192    -1.205027     1.421000
  C       -2.909192    -1.205027    -0.000000
  C       -2.226599    -2.226599    -0.713931
  C       -2.226599    -2.226599    -2.134931
  C       -1.205027    -2.909192     1.421000
  C       -1.205027    -2.909192    -0.000000
  C       -0.000000    -3.148887    -0.713931
  C       -0.000000    -3.148887    -2.134931
  C        1.205027    -2.909192     1.421000
  C        1.205027    -2.909192     0.000000
  C        2.226599    -2.226599    -0.713931
  C        2.226599    -2.226599    -2.134931
  C        2.909192    -1.205027     1.421000
  C        2.909192    -1.205027    -0.000000
با لینوکسی ی gedit باز کن اینا رو بریز توش با فرمت .xyz ذخیره کن و بعد بکشش
اگه با ویندوزی با wordpad یک صفحه باز کن مختصات رو بریز توش و بعد بکش
من همین کارو می کردم.


۱۳ مرداد ۹۴ ، ۲۰:۰۰ نسیم مرادی
یک رابط گرافیکی برای ابینیت وجود داره
abinitgui
می تونید این رو هم نصب کنید
وقتی ورودی ابینیت رو با این نرم افزار باز کنید
یک قسمت view geometry داره 
مستقیم ساختار رو بتون نشون می ده
دیگه نیازی به کارهایی که تو جواب های بالا دادم نیست
موفق باشید.
سلام وقت بخیر
 ی سوال داشتم از خدمتتون

چکونه میتونیم شبه پتانسیل های ال دی ای با ال اس دی ای یا جی جی ای رو تشخیص بدیم. منظورم اینه که همون شبه پتانسیل هایی که درداخل پکیج ابینیت برای ران کردن مثالاش قرار دادن و تشخیص بدیم که از چه نوعی هستند؟
پاسخ:
سلام 
اونایی که توی خود پکیج هستن 
در حدد موارد مورد نیاز برای تست های خود ابینیت هست
شما اگه هر شبه پتاسیلی رو از خود سایت ابینیت دانلود کنید
دسته بندی داره 
هر کدوم با چه روش و تقریبه
متوجه می شید چی به چیه.
با سلام
جزوه abinit هنوزآمده نشده بذارید تو سایت؟؟؟
بی صبرانه منتظریم
با تشکر از شما
پاسخ:
سلام
تا ی جاهاییش رفتم
ولی انقد کارا زیاده اصلا فرصت نمی کنم مثل قبل بشینم سرش
وگرنه تموم شده بود تا الان
ان شالله می شینم سرش تا یجایی ببرم جلو
ممنون از توجه تون ;-)
با تشکر از شما
ایشالا به زودی جزوه رو تو سایت بذارید،من برای محاسبات gw لازم دارم.
پاسخ:
ان شالله 
سلام
میشه راهنمایی کنید برای محاسبات gw از کجا باید شروع کنم؟؟
تو مسیر doc/tutorial/lesson_gw1.html توضیحات داده،خیلی زیاده، باید همشو بخونم؟؟
ممنون
پاسخ:
سلام 
اول از همه تئوری رو بخونید که دقیقا باید چه اتفاقی بیافته
بعد اره درسش رو بخونید

تو پایان نامه م کم توضیح دادم؟
در همون حدد که بدونید کافیه 
به نتیجه خواهید رسید.
با تشکر فراوان از شما
پایان نامه تان را الان دانلود کردم.......
سپاس بی پایان
پاسخ:
خواهش می کنم
موفق باشید ^_-
سلام
میشه  لطفا طریقه ی رسم ساختار نواری رو توضیح بدید. ایا با xmgrace  رسم کردید یا با sigmasplot
آیا از   برنامه  abinit_eignc_to_bandstructure.py برای تبدیل خروجی ساختارنواری ابینیت  به فایل قابل رسم ذر  xmgrace استفاده کرده اید؟
پاسخ:
سلام
روشی که خود ابینیت پیشنهاد می ده استفاده از فایل های پایتون هست
شما یک خروجی مرتب از انرژی هات تولید کنی با هر نرم افزار رسم نموداری می تونی باند بکشی
من همیشه با gnuplot می کشم با xmgrace هم آشنا هستم.

برای رسم این کار رو انجام بدید:

برای رسم ساختار نواری تنها کافی است، فایل خروجی اصلی با پسوند ‎.out‎‌ را در کنار فایل پایتون AbinitBandStructureMaker.py قرار دهید تا با استفاده از

دو دستور زیر، ساختار نواری برای شما چاپ شود.‎


‎python AbinitBandStructureMaker.py file.out‎


دستور اول فایل خروجی اصلی را برای رسم ساختار نواری آماده می‌کند، و از آن یک فایل خروجی با پسوند ‎.dbs می‌سازد.

اگر این دستور بطور صحیح اجرا شود باید پیام زیر را در ترمینال مشاهده کنید:‎


"‎file.out.dbs‎ " ‎file created successfully‎


دستور دوم (دستور زیر) فایل تولید شده با پسوند dbs‎ را به یک فایل قابل خواندن برای نرم افزار رسم نمودار xmgrace‎ تبدیل می کند. ‎

‎python AbinitBandStructureMaker.py file.out.dbs‎


اگر این دستور بطور صحیح اجرا شود باید پیام زیر را در ترمینال مشاهده کنید:‎


"‎file.out.agr‎ " ‎file created successfully‎


فایل با پسوند ‎agr‎ فایلی است که برای xmgrace‎ قابل خواندن است، با زدن دستور زیر در ترمینال می‌توانید این فایل خروجی را مشاهده نمایید: ‎


‎xmgrace file.out.agr‎

با سلام و تشکر از سرکار خانم مرادی بخاطر وقتی که میذارید و به پرسشهای ما جواب میدهید.
میخواستم بپرسم که optimization کارکردید تو abinit؟
میتونید در این زمینه راهنمایی کنید؟
ممنون.
پاسخ:
سلام گلم
ببخشید که این چند وقت فرصت نشد چک کنم وبلاگو

بله کار کردم
برای خودم نیازی نداشتم
ولی برای بچه های دیگه لازم بود
کمک شون کردم


درس 2 اینای ابینیت ی توضیحاتی براش داده
با استفاده از 
متغییرهایی مثل 
ionmov
optcell
tolmxf
و ... بهینه سازی می کنید ساختارتون رو
یسری خروجی از مختصات هم بتون می داد که باید بررسیش می کردید

دقیقا می خوای چکار کنی باش؟ مشکلت کجاست؟

برای شروع یک نگاهی به متغیرهای قسمت ریلکسیشن بنداز
با هر کدوم اشنا شی که چکاری انجام می دن
رو بزن
قسمت varrlx.
باسلام.
سوالی راجع به بهینه سازی باabinit پرسیده بودم فک کنم به دستتون نرسیده،
 میخواستم بپرسم optimization با  abinit رو کارکردید؟
میتونیدمنو راهنمایی کنید؟
پاسخ:
بله رسیده
جواب تون رو دادم

کارم تمام وقته :(
به وب و .. نمی رسم.
سلام و تشکر
فرض کنید که یک اتمی داریم که در راستای z داره حرکت میکنه میخوایم بدونیم کجا کمترین انرژی رو داره؟
به بیان دیگه ساختاری داریم که میخواهیم تحت stress ، بهینه سازی کنیم؟
ممنون.
پاسخ:
سلام
خط دوم و سومت دو مساله کاملا جدان
نمی فهمم اصن :/

فقط برای خط سومت 
ببین بهینه سازی رو برای چی می خوای؟ برای اینکه پارامتر شبکه بدست بیاری؟ برای اینکه مختصات درست بدست بیاری؟ برای چی می خوای؟
ممنون از محبتتون.
ساختار تک لایه ای (مثل گرافن) داریم که همه اتم ها بجز یکی در یک صفحه قرار دارن،میخوایم این ساختار رو تحت stress قرار بدیم،حالا میخواستم بدونم اون اتم خارج از سطح تحت stress کجا کمترین انرژی رو خواهد داشت؟
بله درسته پارامتر شبکه تحت strain رو میخوایم بدست بیاریم،بردار پایه ها رو.....
سوال دیگه ای که داشتم، شما مقاله ی ISI دارید برای کار پایان نامه تان؟میخواستیم تو مقاله ای که کار میکنیم citation بدیم.
با تشکر.
پاسخ:
سلام
ینی اینکه وکنسی داری تو ساختارت
ببین از همون متغیرهایی که برای ریلکس کردن هست استفاده کن
مختصات نقاط رو بت می ده
می تونی به نتیجه برسی
من در همین حدد می تونم کمک کنم
بعضی جاها نظر اساتید رو می طلبه
توی فروم ابینیت شاید ورودی ای پیدا کنی برا گرافن
http://forum.abinit.org/

هنوز به چاپ نرسیده 
به چاپ رسید حتما تو وب می ذارمش
ان شالله

نوشتن اون جزوه ابینیت هم رفت برای سال بععد :)

با سلام و تشکر از محبتتون

 

میشه لطف کنید و در مورد  محاسبه اکسیتونی هم راهنمایی کنید.

 



 

پاسخ:
سلام
در پایان نامه م توضیحات هست 
اگه جایی نا مفهوم بود در خدمت تون هستم
از قسمت دانلود فایل های مفید دانلود کنید.
سلام
آیا ابینیت GW+DFT داره؟
میشه راهنماییم کنید؟
من با اسپرسو کار می کنم و دنبال نرم افزاری هستم که GW+DFT داشته باشه
ممنون
پاسخ:
سلام
داره دیگه
پ چی نوشتم تو کلل وبلاگم
هم تیوری رو نوشتم هم محاسبات رو 
از قسمت دانلود فایل های مفید پایان نامه م رو دانلود کنید اونجا هست.
سلام
ممنون از مطالبتون
من برای ماده خودم محاسبات را با اسپرسو انجام دادم و فایل ورودی اسپرسو را دارم
الان که ورودی ابینیت را ساختم این ارور را میگیرم که نمی دانم منظورش کجای فایل هست؟
--- !ERROR
message: |
    There is a problem with the input file : maybe 
    a disagreement between the declared dimension of the array,
    and the number of data actually provided.
    Action: correct your input file !
src_file: Subroutine Unknown
src_line: 0
من برنامه کامپایلر ابینیت به اسپرسو را پیدا کردم ولی متاسفانه موفق به اجرای آن نشدم
ممنون می شوم اگر بتوانید کمکم کنید.
پاسخ:
سلام بسیار معذرت که دیر جواب می دم
دسترسی به سیستم نداشتم

ورودی تون رو باید ببینم
هندسه ساختارتون رو درست تعریف کنید
اصولا ارورهای این شکلی نمی ده

اسپرسو کار نکردم
تبدیل هم همین طور
سر رشته ای ندارم بتونم کمک کنم.
یک سوال دیگه هم داشتم
xcart  منظورش مختصات کارتزین هست یا باید برحسب شبکه بنویسیم؟
پاسخ:
بله همون مختصات دکارتی هست 
xred مختصات کاهش یافته یا همون بدون بعد
xang مختصات با واحد انگستروم
سلام
وقت به خیر
من دیروز یک سوال پرسیدم که احتمالا ندیدید
الان با این ارور مواجه شدم

--- !ERROR
message: |
    Checking consistency of input data against itself gave 1 inconsistencies.
src_file: Subroutine Unknown
src_line: 0
...


 leave_new : decision taken to exit ...

 chkinp: ERROR -
   Chksymbreak=1 . A potentially symmetry-breaking value of tnons has been observed :
   for the symmetry number    2
   symrel is   1  0  0  0 -1  0  0  0 -1
   tnons is    -1.110223E-16    6.856271E-05    6.070538E-09
   Please, read the description of the input variable chksymbreak,
   then, if you feel confident, you might switch it to zero, or consult with the forum.

--- !ERROR
message: |
    Checking consistency of input data against itself gave 1 inconsistencies.
src_file: Subroutine Unknown
src_line: 0
ممنون می شم اگر کمکم کنید
هرچه گشتم نفهمیدم مشکل کجاست
پاسخ:
ارورها زیاده
چقدر با ابینیت کار کردید؟
باش ران موفق انجام دادید تا حالا؟
باید ورودی رو ببینم
برای دومین ارور
Chksymbreak
رو مقداری بدید که ابینیت هندسه رو چک نکنه
برید توی متغیرهای وروی اونجا نوشته چند باید بدید
این ارور اصولا  وقتی ظاهر می شه که k mesh شما متناسب با ساختارتون تعریف نشده 
سلام نسیم خانم خوب هستین؟ ممنون از سایت خوبتون. منم پایان نامه ام مشابه شماست ولی تو پیدا کردن کامپایلر و کد vasp مشکل دارم و نمیدونم باید از کجا دانلود کنم .تو سایت اصلیشون هم میرم نمیتونم دانلودکنم  به هر کسی هم گفتم نتونسته کمکم کنه میشه خواهش کنم شما کمکم کنید ممنون میشم اگه لطف کنید .
پاسخ:
سلام
خوبم ممنونم
تا اخرین باری که یادمه
وسپ ایرانو تحریم کرد و نمی ده پکیجش رو
اگه هم گیر بیارید نرم افزارش رو
نمی تونید باش مقاله بدید 
ی سرچی براتون می زنم فردا که اطلاعات قدیمی بتون نداده باشم
خبرشو می دم


 با سلام، وقت بخیر
در متن مقاله شیمی که از برنامه گوسین و روش dft برای بهینهسازی استفاده کرده، اصطلاح ریلکس کردن بکار برده شده که معنی دقیقش برای من مشخص نیست مثل " all atoms were allowed to be relaxed "
لطف میکنید بفرمایید این لغت مربوط به این برنامه است یا خیر
و اینکه در صورت مثبت بودن پاسخ سوال، لطف میکنید کمی توضیح دهید 
پاسخ:
سلام
ببخشید دیر پاسخ میدم

ریلکس کردن اولین بخش از محاسبات هست
شما میای با ریلکس کردن مختصات و مکان درست تر و بهینه اتم ها رو بدست میاری تا بتونی یک ساختار منطقی تر و درست تر از ماده ای ک داری بسازی.
مثال یک نیرویی اعمال می کنی هی مختصات تغییر میکنه و ... ولی در نهایت به یک مقادیر بهینه ای برای مختصات و طول پیوندی بین اتم ها میرسی تا از همین مختصات برای ادامه محاسباتت استفاده کنی

توی ابینیت با استفاده از یک سری متغیرهای ورودی ریلکسیشن رو انجام میدی مطمینا توی گوسین هم همچین امکاناتی وجود داشته باشه
موفق باشید.


سلام دوست عزیز
سپاسگزارم از راهنماییاتون 
من یه سوال فوری دارم که اگه پاسخگو باشین ممنونتوم میشم
من برای خواص اپتیکی مرحله اول از درسنامه اپتیکی ابینیت رو انجام میدم منتها وقتی مرحله دوم رو ران می کنم با ارور زیر مواجه میشم، اگه بتونین راهنماییم کنین کمک بزرگی بهم کردید. ممنونم
ارور: 
cannot read header from DDK file
src_file: subroutine unknown
src_line: 0
پاسخ:
سلام
ببخشید که دیر جواب میدم
احتمال خیلی زیاد
فایل ورودی تون input file
درست نوشته نشده
و یا فایل هایی که برای ران قسمت دوم نیاز هست
خروجی درستی ندادن
سلام.
خوب بود.
سپاس فراوان از جنابعالی
پاسخ:
سلام. ممنون از توجه شما

ارسال نظر

ارسال نظر آزاد است، اما اگر قبلا در بیان ثبت نام کرده اید می توانید ابتدا وارد شوید.
شما میتوانید از این تگهای html استفاده کنید:
<b> یا <strong>، <em> یا <i>، <u>، <strike> یا <s>، <sup>، <sub>، <blockquote>، <code>، <pre>، <hr>، <br>، <p>، <a href="" title="">، <span style="">، <div align="">
تجدید کد امنیتی